Trường THCS Nam Thanh tiền thân là trường tiểu học thị trấn Mường Thanh – huyện Điện Biên được thành lập năm 1995. Đến tháng 8 năm 2003 trường chính thức được chia tách với tên gọi Trường THCS Thị trấn Mường Thanh. Đến tháng 12 năm 2003 trường được sát nhập về Thành phố Điện Biên Phủ và đổi tên thành trường THCS Nam Thanh -Thành phố Điện Biên Phủ .
Những ngày đầu trường chung cơ sở vật chất với trường tiểu học. Đến năm 2003 sau khi được chia tách trường chuyển về tổ dân phố 7- Phường Nam Thanh. Do công tác giải phóng mặt bằng gặp khó khăn, cơ sở vật chất trường lớp vô cùng thiếu thốn.
Song thực hiện lời dạy của Bác “Dù khó khăn đến đâu cũng phải tiếp tục thi đua dạy thật tốt, học thật tốt”, được sự quan tâm chỉ đạo của các cấp ủy Đảng, chính quyền địa phương ; sự chỉ đạo sát sao của Phòng Giáo dục và Đào tạo Thành phố Điện Biên Phủ; sự phối kết hợp và giúp đỡ của các cơ quan, đoàn thể , các tổ chức xã hội; sự đồng thuận của các bậc phụ huynh học sinh và nhân dân trên địa bàn; đặc biệt là cố gắng nỗ lực của các thế hệ cán bộ quản lí, giáo viên và học sinh; thầy trò nhà trường đã đạt được những kết quả rất đáng khích lệ: Hàng năm chất lượng chuyển lớp đạt 97- 98%; tốt nghiệp 98- 100%; chất lượng học sinh giỏi các cấp ngày càng tăng; chất lượng đội ngũ giáo viên ngày càng được khẳng định. Trường luôn đạt danh hiệu trường tiên tiến xuất sắc cấp tỉnh; chi bộ đạt trong sạch vững mạnh; các tổ chức đoàn thể đạt vững mạnh; công đoàn nhiều năm được LĐLĐ tỉnh tặng bằng khen; đội TNTP được trung ương đoàn tặng bằng khen…
Hiện nay, trường đang được đầu tư cơ sở vật chất, xây dựng trường lớp theo hướng chuẩn hóa, hiện đại hóa. Chặng đường phía trước của thầy và trò nhà trường còn nhiều khó khăn thử thách. Song với sự quan tâm chỉ đạo của các cấp ủy Đảng, chính quyền; cơ quan chuyên môn; sự đoàn kết, năng động sáng tạo đồng sức, đồng lòng của tập thể chi ủy, ban giám hiệu; hội đồng sư phạm nhà trường; sự nỗ lực phấn đấu tu dưỡng, rèn luyện của các em học sinh, trường THCS Nam Thanh sẽ hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ của mình, tiếp tục viết tiếp vào trang sử truyền thống vượt khó đi lên của thầy trò nhà trường, là địa chỉ tin cậy, tạo cơ hội học tập, tu dưỡng rèn luyện tốt nhất cho con em đồng bào các dân tộc Phường Nam Thanh Thành phố Điện Biên Phủ.
Nguồn tin. Cô Cao Thị Đại - Hiệu trưởng nhà trường